La iglesia de Santiago y San Pedro fue construida en el siglo XII. Avanzado el siglo XVI el desarrollo demográfico de la población puentesina y los cambios de gustos artísticos movieron a las autoridades y feligreses de Puente la Reina a reformar el templo.
De este modo, se respetaron las portadas y sustituyeron las tres naves, tres ábsides y la torre o campanario alzado sobre el centro del crucero, por el edificio actual de una amplia y esbelta nave, crucero, cabecera y torre. La obra renacentista fue llevada a cabo entre los años 1543 y 1566.
El templo dispone de una grandiosa torre de 68 metros de altura. La parte baja, de planta cuadrangular se hizo en el siglo XVI. Sobre ella se erigió en el siglo XVIII un cuerpo de campanas octogonal, con cúpula y linterna realizada en 1777 por Santos Ochandátegui siguiendo el proyecto de Ventura Rodríguez.
Sus retablos, lienzos, tibores y otros elementos ornamentales del interior son, sobre todo, del siglo XVIII. Destaca el retablo mayor dedicado a Santiago que data del siglo XVIII. Adosadas a los muros de la iglesia encontramos dos importantes esculturas góticas del siglo XVI: la imagen en piedra policromada de San Bartolomé en tamaño casi natural y la imagen en madera también policromada de Santiago Apóstol, conocido como Santiago «beltza» (negro en euskera) por su cara oscura. Esta figura que representa al apóstol peregrino destaca por su tamaño y por el tratamiento de sus ojos y barbas.
Del templo primitivo de origen románico se conservan algunos muros exteriores y dos de sus portadas, una a los pies del templo y la otra en el lado de la Epístola.
En la entrada contemplamos la portada románica del siglo XII de gran valor ornamental. Tiene 5 arquivoltas de medio punto que apean en columnas con capiteles historiados cuyos relieves recogen acontecimientos del Antiguo y Nuevo testamento. Se pueden apreciar Adán y Eva arrojados del paraíso, Caín y Abel, Bautismo de Jesús, etc.
Dispone de una bóveda de crucería estrellada que apea sobre contrafuertes interiores. La iglesia es de planta de cruz latina, con cabecera poligonal y dos capillas poco profundas a los lados.
El altar mayor tiene un cuerpo principal con tres calles con las esculturas de Santiago, San Sebastián y San Roque. En la parte superior está el crucificado, San Juan Evangelista y Santa María.
En el frontal de la capilla derecha está la imagen de la Patrona del Pueblo: Ntra. Sra. de Soterraña. En el lado izquierdo contemplamos una hermosa talla de la Virgen María, Nuestra Sra. Del Rosario, que fue la patrona principal de Puente antes de la Soterraña. En este retablo están también tallas de San José, San Isidro y su esposa Santa María de la Cabeza, San Joaquín y Santa Ana. Arriba del todo está la imagen de Santa Teresa de Jesús. Además, también podemos contemplar un altar de la Virgen del Carmen.
La Iglesia cuenta desde este año 2018 con el retrato y una reliquia del Beato Juan María de la Cruz que se ha situado en uno de los muros laterales del templo. De esta forma se hace presente y visible también allí la vinculación de nuestro Beato con la iglesia local de esta localidad navarra.
